En enero de 1969 se creó el Instituto de Matemáticas de la Universidad Católica de Valparaíso continuador de la antigua Escuela de Matemáticas y Física, existente hasta entonces. Como parte de su estructura, se conformó un pequeño grupo de profesores especializados en Estadística, reconociendo en dicha época la necesidad de contar con personal especializado de alto nivel en un área que emergía con fuerza en distintas instancias del país.
Debido a la necesidad de una unidad académica dedicada por entero a la Estadística, que fuera la formadora de los profesionales estadísticos, el 1ro de Enero de 1995, se creó el Instituto de Estadística de la Universidad Católica de Valparaíso, el cual continuó funcionando en la sede Malaquías Morales, ubicada en el Cerro Barón. Su planta de profesores quedó constituida por académicos, con grados de Magíster o Doctor, o estudios de doctorado, que hasta el año 1994 desempeñaron sus funciones en el área de Estadística del Instituto de Matemáticas.
Producto del grave incendio acaecido en 2 de Agosto de 2013 en la Iglesia San Francisco, las dependencias del Instituto se trasladaron temporalmente a la Casa Central de la Universidad. A contar del mes de Marzo de 2014, el Instituto de Estadística cuenta con su propia sede, conformada por dos inmuebles, en uno de los cuales se ubican las oficinas de los profesores y el área administrativa mientras que en el otro, las salas de clases, laboratorios, salas de estudio y Centro de Alumnos.